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单细胞 RNA 分析 Skill

这是 OpenAI4S 自维护的人/鼠、已完成 cell calling 的 10x GEX scRNA-seq 与 snRNA-seq 工作流。它提供版本化配置契约、支持单样本描述性或 donor-aware 对比分析的 Scanpy 流程、保守的科学门控、可恢复的检查点和可审计的结果包；不会修改或复制仓库中 固定版本的 bioSkills 集合。

安装

一个 Skill 就是一个文件目录，所谓安装，就是把这个目录复制到 Agent 会去读的地方。有 Node 18+、且 PATH 上有 git（npm 靠它解析 github: 形式的包名）即可，无需先克隆仓库：

npx github:PKU-YuanGroup/OpenAI4S install single-cell-rna-analysis --target claude

--target claude 写入 ~/.claude/skills，claude-project 写入 ./.claude/skills，openai4s 写入 <data_dir>/user-skills，--dir <path> 则写到你指定的任意位置。往目标写任何东西之前，都会先打印解析出的绝对路径；--dry-run 到此为止，不再写入。重装时，若目标副本被你改过、或者不是它自己装的，就拒绝覆盖；uninstall 也只删除它自己写过的文件。npm 0.2.0 不包含本配方，请使用上面的 GitHub 安装命令。

没有 Node 时，直接取这个目录——需要 .zip 上传时再打包。tarball 是整个仓库（超过 100 MB），下面这条管道是 POSIX shell（macOS、Linux、WSL）写法，只解出这一个目录：

curl -L https://codeload.github.com/PKU-YuanGroup/OpenAI4S/tar.gz/refs/heads/main \
  | tar -xz --strip-components=2 OpenAI4S-main/skills/single-cell-rna-analysis
python3 -m zipfile -c single-cell-rna-analysis.zip single-cell-rna-analysis

同一份内容的图形界面版本是点击下载整个仓库 zip 包，Windows 上也走这条路：解压后把 skills/single-cell-rna-analysis/ 拷出来即可（unzip main.zip 'OpenAI4S-main/skills/single-cell-rna-analysis/*' 只解这一个目录）。如果你本来就在跑 OpenAI4S，那这里没有任何东西需要安装——wheel 自带全部内置 Skill，且内置 Skill 优先于 <data_dir>/user-skills 里的同名副本。目标目录、来源记录，以及安装器拒绝去做的那些事：tools/skills-installer/。

文件

路径 职责
SKILL.md 面向 Agent 的简短入口：适用范围、公开调用、阶段路由、失败处理、Artifact 交付和解释边界。
kernel.py 延迟导入科学依赖，实现 preflight(config)、run(config, output_dir) 与 resume(run_dir)。
references/ 输入、科学流程、注释、统计和输出的详细契约，并配有独立的双语目录说明。

该工作流以保留证据为原则：raw counts 独立保存在 layers["counts"]，Harmony 只改变 embedding，cluster marker 不替代条件差异表达，未经确认的标签可以保留为 Unknown。