ProteinMPNN Skill

ProteinMPNN 只看主链几何来设计序列。输入 PDB 里的配体、核酸、金属它一概看不见，ligandmpnn 就是为此而生；solublempnn 架构相同，换的是在可溶结构上训练的权重。所以设计面是蛋白-蛋白时它是对的一步，一旦界面上出现辅因子就是错的一步。这里放的是驱动外部仓库的操作手册：仓库怎么拉起来、哪些参数真正要紧、返回的 FASTA 怎么读。仓库要在任务里现拉——它没有 PyPI 发行版，checkpoint 就装在仓库本身里。

跑出来的是一条序列和一个似然。FASTA 头里的 score= 是平均负对数似然——在这条主链上，这条序列有多像 ProteinMPNN 会写出来的序列；seq_recovery= 是它和输入原本那条序列有多一致。这两个数都不说明设计能折叠、能表达、能结合；那要先过折叠模型，最后靠实验。小规模的任务用 CPU 就够；真实耗时、以及 GPU 到底值不值，取决于设计规模和运行环境。

安装

一个 Skill 就是一个文件目录，所谓安装，就是把这个目录复制到 Agent 会去读的地方。有 Node 18+、且 PATH 上有 git（npm 靠它解析 github: 形式的包名）即可，无需先克隆仓库：

npx github:PKU-YuanGroup/OpenAI4S install proteinmpnn --target claude

--target claude 写入 ~/.claude/skills，claude-project 写入 ./.claude/skills，openai4s 写入 <data_dir>/user-skills，--dir <path> 则写到你指定的任意位置。往目标写任何东西之前，都会先打印解析出的绝对路径；--dry-run 到此为止，不再写入。重装时，若目标副本被你改过、或者不是它自己装的，就拒绝覆盖；uninstall 也只删除它自己写过的文件。对于 npm 发布版中包含的配方，可用 npx @pku-yuangroup/openai4s-skills install proteinmpnn --target claude 安装发布版本。npm 目录可能与当前仓库不同。

没有 Node 时，直接取这个目录——需要 .zip 上传时再打包。tarball 是整个仓库（超过 100 MB），下面这条管道是 POSIX shell（macOS、Linux、WSL）写法，只解出这一个目录：

curl -L https://codeload.github.com/PKU-YuanGroup/OpenAI4S/tar.gz/refs/heads/main \
  | tar -xz --strip-components=2 OpenAI4S-main/skills/proteinmpnn
python3 -m zipfile -c proteinmpnn.zip proteinmpnn

同一份内容的图形界面版本是点击下载整个仓库 zip 包，Windows 上也走这条路：解压后把 skills/proteinmpnn/ 拷出来即可（unzip main.zip 'OpenAI4S-main/skills/proteinmpnn/*' 只解这一个目录）。如果你本来就在跑 OpenAI4S，那这里没有任何东西需要安装——wheel 自带全部内置 Skill，且内置 Skill 优先于 <data_dir>/user-skills 里的同名副本。目标目录、来源记录，以及安装器拒绝去做的那些事：tools/skills-installer/。

文件