Chai-1 Skill

Chai-1 的渐进披露 recipe。Chai-1 是全原子扩散式 co-folding 模型，蛋白质、RNA、DNA 与 SMILES 配体链在同一份 multi-entity FASTA 里都是一等实体。这份 recipe 带 Agent 走通外部的 chai-lab Python API，并解读返回的候选结构与分数；模型本身不随本目录分发。Chai-1 与 boltz 覆盖的范围大体重合，recipe 也正是这么用它的：两个模型都跑一遍，保留任一模型判过的设计，这是常见的 consensus 过滤；而 Chai 有 Python 入口，比 boltz 更容易嵌进设计循环里。

依赖包、权重、GPU 资源以及可选的外部 MSA 服务均须另行可用。把 Chai-1 和 Boltz-2 一起跑，换来的是第二个模型，不是第二次实验。两者同属全原子扩散式 co-folding，是同一类模型，所以它们都看好的复合物，也可能是它们一起看错的复合物，而它们一致给出的 ipTM，说的仍然只是模型自己。两边都过的设计，是一份更短的、值得拿去做实验的名单，仅此而已。

安装

一个 Skill 就是一个文件目录，所谓安装，就是把这个目录复制到 Agent 会去读的地方。有 Node 18+、且 PATH 上有 git（npm 靠它解析 github: 形式的包名）即可，无需先克隆仓库：

npx github:PKU-YuanGroup/OpenAI4S install chai1 --target claude

--target claude 写入 ~/.claude/skills，claude-project 写入 ./.claude/skills，openai4s 写入 <data_dir>/user-skills，--dir <path> 则写到你指定的任意位置。往目标写任何东西之前，都会先打印解析出的绝对路径；--dry-run 到此为止，不再写入。重装时，若目标副本被你改过、或者不是它自己装的，就拒绝覆盖；uninstall 也只删除它自己写过的文件。对于 npm 发布版中包含的配方，可用 npx @pku-yuangroup/openai4s-skills install chai1 --target claude 安装发布版本。npm 目录可能与当前仓库不同。

没有 Node 时，直接取这个目录——需要 .zip 上传时再打包。tarball 是整个仓库（超过 100 MB），下面这条管道是 POSIX shell（macOS、Linux、WSL）写法，只解出这一个目录：

curl -L https://codeload.github.com/PKU-YuanGroup/OpenAI4S/tar.gz/refs/heads/main \
  | tar -xz --strip-components=2 OpenAI4S-main/skills/chai1
python3 -m zipfile -c chai1.zip chai1

同一份内容的图形界面版本是点击下载整个仓库 zip 包，Windows 上也走这条路：解压后把 skills/chai1/ 拷出来即可（unzip main.zip 'OpenAI4S-main/skills/chai1/*' 只解这一个目录）。如果你本来就在跑 OpenAI4S，那这里没有任何东西需要安装——wheel 自带全部内置 Skill，且内置 Skill 优先于 <data_dir>/user-skills 里的同名副本。目标目录、来源记录，以及安装器拒绝去做的那些事：tools/skills-installer/。

文件